Коллегиальными органами управления Учреждением являются наблюдательный совет, общее собрание работников, педагогический совет, совет муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Женская гуманитарная гимназия», совет обучающихся.
Управление педагогической деятельностью осуществляет Педагогический совет, возглавляемый директором. Педагогический совет создается в целях рассмотрения основных вопросов образовательных отношений, развития и совершенствования образовательной деятельности.
В состав педагогического совета входят педагогические работники Учреждения.